出血是最常见的局部并发症。当溃疡透壁蔓延导致局限性肠梗阻和腹膜炎时，可发生中毒性结肠炎，另一种特别严重的并发症。随着中毒性结肠炎的进展，结肠失去肌张力并在数小时或数天内开始扩大。腹部X线可显示在一长段连续的麻痹的结肠腔内有积气——结肠肌张力丧失的结果。

　　当横结肠的直径超过6cm，则存在中毒性巨结肠(或中毒性肠扩张)。重症患者可出现发热，可高达40℃，白细胞增多，可有腹痛和反跳痛，这种情况通常在特别严重的结肠炎病程中自发产生，但有些患者可因过度使用麻醉药，抗胆碱能性的抗腹泻药而促发。治疗应在疾病的早期尚未完全发展为巨结肠之前进行，以防止危险的并发症(如穿孔，弥漫性腹膜炎，败血症)。如采取及时有效的治疗，死亡率可被控制在4%以下，但若发生穿孔，则可超过40%.

　　见于肉芽肿性结肠炎主要的直肠周围并发症(如瘘管，脓肿)是不会发生的。

　　当累及全部结肠而且病程持续10年以上，结肠癌的发生率增加，这与该病的活动度无关。10年以后，广泛结肠炎癌变的危险性达到每年约0.5%~1%.虽然癌肿的发生率在全结肠受累的溃疡性结肠炎患者中最高，但只要结肠炎的范围向上超过乙状结肠，患癌肿的危险性就会显著提高。在儿童期发病的结肠炎患者尽管其病程持续较长，其患癌肿的危险性并不绝对增加。诊断为结肠炎相关的癌肿患者，约50%可获得长期的生存，类似于一般人群中结肠直肠癌的长期生存率。

　　对于那些病程(不少于8~10年)和病变范围(超过直肠乙状结肠)使其处于发生结肠癌高危状态的患者，建议定期作结肠镜检查，最好是在缓解期。内镜活检应包括整个结肠，并由经验丰富的病理学家判断，任何程度已被证实的明确的异常增生都是结肠切除的有力指征，因为伴随的或即将发生结肠直肠癌的可能性高达80%.对于这些患者，明确病理分析对区分确定的肿瘤性异常增生和继发于炎症的反应性或不典型再生是重要的，但如果异常增生确实存在，若反复随访监测而拖延结肠切除术是不明智的。假性息肉并无预后意义，但可能很难与肿瘤性息肉鉴别，因此任何可疑的息肉都有必要被切除并作病理学检查。

　　肠外的并发症包括周围性关节炎，关节强直性脊柱炎，骶髂关节炎，前眼色素层炎，结节性红斑，坏疽性脓皮病，巩膜外层炎，在儿童则有生长与发育停滞。周围性关节炎，皮肤并发症和巩膜外层炎往往随着结肠炎病情变化而波动，而脊柱炎，骶髂关节炎和色素层炎往往独立于肠道疾病而自行发展。在伴有脊柱或骶髂关节受累的患者中，绝大多数也有眼色素层炎存在的征象，反之亦然。关节强直性脊柱炎，骶髂关节炎以及眼色素层炎可能在结肠炎之前好多年即已存在，而且在有HLA-B27抗原的患者中更易于发生。

　　虽然肝功能试验的轻微改变在本病中颇为常见，但临床上明显的肝脏疾病仅见于3%~5%的患者。肝脏疾病可表现为脂肪肝或更严重的表现为自身免疫性肝炎，原发性硬化性胆管炎(PSC)或肝硬化。5%的溃疡性结肠炎患者可发生PSC，最多见于那些年轻时就患结肠炎的患者。PSC可比有症状的溃疡性结肠炎早许多年出现，采用内镜逆行胰胆管造影检查比肝活检诊断更为可靠。一些研究者相信如果进行全身性检查，在所有的 PSC患者中均可发现亚临床型溃疡性结肠炎的征象。溃疡性结肠炎相关的PSC的一个晚期并发症是胆管癌，它甚至可在结肠切除术后20年才发生。在西方国家中，超过50%的PSC和胆管癌发生于克罗恩病或溃疡性结肠炎患者中。