病史和粪便检查可提供溃疡性结肠炎的假设诊断，但都必须经乙状结肠检查加以证实，因为乙状结肠镜检可提供疾病活动性直接而即时的证据，在治疗前不一定需要施行全结肠镜检查，而且在活动期有发生肠穿孔的危险。在早期患者，粘膜失去正常的血管形态，呈细颗粒状且易碎，且往往伴有散在的出血区。轻微的损伤即可引起多发性针尖大小的点状出血。粘膜很快崩解成红色海绵状表面，上面布满了许多点状渗血和渗脓的微小溃疡。随着粘膜受损进行性加重，炎症和出血可波及肠道的肌层，伴有大量脓性渗出的大面积粘膜溃疡标志着病情严重。呈岛状分布的相对正常或增生性粘膜病变(假息肉)突出于溃疡发生区的粘膜。活检可为非特异性，有时不能排除急性感染性(自限性)结肠炎。但慢性炎症的存在(如隐窝结构变形，隐窝萎缩，慢性炎症的渗入)支持溃疡性结肠炎的诊断。即使在无症状的间歇期中，乙状结肠镜所见也极少正常，几乎总是呈一定程度的易碎性或颗粒性，正常粘膜血管形态消失，且活检显示慢性炎症的存在。

　　有时腹部X线平片有助于判断结肠炎的严重程度和近侧端的受累范围，因为这可显示结肠袋的消失，粘膜水肿以及在病变肠段中无成形的粪便。如结肠镜检查一样，在开始治疗前不一定需要行钡剂灌肠检查，因为在活动期有穿孔的危险。但在以后的病程中应进行结肠检查以明确受累的范围。虽然钡剂灌肠也能提供资料，但全结肠镜检查是最敏感而被广泛应用的方法。钡剂灌肠检查显示结肠袋消失，粘膜水肿，微小的锯齿状改变或在严重患者中的大溃疡。在病程达数年的患者中往往可见结肠缩短，僵硬，并伴有粘膜萎缩或假息肉形成。

　　结肠镜检查加活检对评估狭窄的性质是必需的。若炎症高度局限或见到肉芽肿，活检还有助于鉴别溃疡性结肠炎和克罗恩病。